perl-Bio-Phylo-2.0.1-4.mga9 RPM for noarch

From Mageia Cauldron for aarch64 / media / core / release

This is the base class for the Bio::Phylo package for phylogenetic analysis
using object-oriented perl5. In this file, methods are defined that are
performed by other objects in the Bio::Phylo release that inherit from this
base class (which you normally wouldn't use directly).

For general information on how to use Bio::Phylo, consult the manual (the
Bio::Phylo::Manual manpage).

If you come here because you are trying to debug a problem you run into in
using Bio::Phylo, you may be interested in the "exceptions" system as
discussed in the Bio::Phylo::Util::Exceptions manpage. In addition, you may
find the logging system in the Bio::Phylo::Util::Logger manpage of use to
localize problems.

Provides

• perl-Bio-Phylo
• perl(Bio::Phylo)
• perl(Bio::Phylo::EvolutionaryModels)
• perl(Bio::Phylo::Factory)
• perl(Bio::Phylo::Forest)
• perl(Bio::Phylo::Forest::DrawNodeRole)
• perl(Bio::Phylo::Forest::DrawTreeRole)
• perl(Bio::Phylo::Forest::Node)
• perl(Bio::Phylo::Forest::NodeRole)
• perl(Bio::Phylo::Forest::Tree)
• perl(Bio::Phylo::Forest::TreeRole)
• perl(Bio::Phylo::Generator)
• perl(Bio::Phylo::IO)
• perl(Bio::Phylo::Identifiable)
• perl(Bio::Phylo::Listable)
• perl(Bio::Phylo::ListableRole)
• perl(Bio::Phylo::Matrices)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::Character)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::Characters)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Illumina)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Sanger)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Solexa)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::Datum)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::DatumRole)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::Matrix)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::MatrixRole)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData)
• perl(Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator)
• perl(Bio::Phylo::Models::Substitution::Binary)
• perl(Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna)
• perl(Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::F81)
• perl(Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::GTR)
• perl(Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::HKY85)
• perl(Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::JC69)
• perl(Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::K80)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::DOM)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::Entities)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::Meta)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::Writable)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::XML2JSON)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Abstract)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Adjacency)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Cdao)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Dwca)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Fasta)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Fastq)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Figtree)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Json)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Newick)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Nexml)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Nexus)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Nhx)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Phylip)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Phyloxml)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Table)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Taxlist)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Tnrs)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Tolweb)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Ubiocbmeta)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Ubiometa)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Ubiosearch)
• perl(Bio::Phylo::PhyloWS)
• perl(Bio::Phylo::PhyloWS::Client)
• perl(Bio::Phylo::PhyloWS::Resource)
• perl(Bio::Phylo::PhyloWS::Resource::Description)
• perl(Bio::Phylo::PhyloWS::Service)
• perl(Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Timetree)
• perl(Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Tolweb)
• perl(Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioClassificationBank)
• perl(Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioNameBank)
• perl(Bio::Phylo::Project)
• perl(Bio::Phylo::Set)
• perl(Bio::Phylo::Taxa)
• perl(Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker)
• perl(Bio::Phylo::Taxa::Taxon)
• perl(Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker)
• perl(Bio::Phylo::Treedrawer)
• perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract)
• perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas)
• perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Gif)
• perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg)
• perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf)
• perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Png)
• perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Processing)
• perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Svg)
• perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Swf)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Abstract)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Adjacency)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Cdao)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Fasta)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Figtree)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Hennig86)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Html)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Json)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Mrp)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Newick)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Nexml)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Nexus)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Nhx)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Nwmsrdf)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Pagel)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Phylip)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Phyloxml)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Rss1)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Taxlist)
• perl(Bio::Phylo::Util::CONSTANT)
• perl(Bio::Phylo::Util::CONSTANT::Int)
• perl(Bio::Phylo::Util::Dependency)
• perl(Bio::Phylo::Util::Exceptions)
• perl(Bio::Phylo::Util::IDPool)
• perl(Bio::Phylo::Util::Logger)
• perl(Bio::Phylo::Util::MOP)
• perl(Bio::Phylo::Util::Math)
• perl(Bio::Phylo::Util::OptionalInterface)
• perl(Bio::Phylo::Util::StackTrace)
• perl(Bio::PhyloRole)

Requires

• perl(Attribute::Handlers)
• perl(Bio::Phylo)
• perl(Bio::Phylo::Factory)
• perl(Bio::Phylo::Forest)
• perl(Bio::Phylo::Forest::DrawNodeRole)
• perl(Bio::Phylo::Forest::DrawTreeRole)
• perl(Bio::Phylo::Forest::Node)
• perl(Bio::Phylo::Forest::NodeRole)
• perl(Bio::Phylo::Forest::Tree)
• perl(Bio::Phylo::Forest::TreeRole)
• perl(Bio::Phylo::IO)
• perl(Bio::Phylo::Identifiable)
• perl(Bio::Phylo::Listable)
• perl(Bio::Phylo::ListableRole)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::Datum)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::DatumRole)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::MatrixRole)
• perl(Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData)
• perl(Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator)
• perl(Bio::Phylo::Models::Substitution::Binary)
• perl(Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna)
• perl(Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::JC69)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::DOM)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::Entities)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral)
• perl(Bio::Phylo::NeXML::Writable)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Abstract)
• perl(Bio::Phylo::Parsers::Newick)
• perl(Bio::Phylo::PhyloWS)
• perl(Bio::Phylo::PhyloWS::Resource)
• perl(Bio::Phylo::PhyloWS::Service)
• perl(Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker)
• perl(Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker)
• perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract)
• perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Png)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Abstract)
• perl(Bio::Phylo::Unparsers::Nexus)
• perl(Bio::Phylo::Util::CONSTANT)
• perl(Bio::Phylo::Util::CONSTANT::Int)
• perl(Bio::Phylo::Util::Dependency)
• perl(Bio::Phylo::Util::Exceptions)
• perl(Bio::Phylo::Util::IDPool)
• perl(Bio::Phylo::Util::Logger)
• perl(Bio::Phylo::Util::MOP)
• perl(Bio::Phylo::Util::Math)
• perl(Bio::Phylo::Util::OptionalInterface)
• perl(Bio::Phylo::Util::StackTrace)
• perl(Bio::PhyloRole)
• perl(Carp)
• perl(Config)
• perl(Data::Dumper)
• perl(Exporter)
• perl(File::Spec::Unix)
• perl(File::Temp)
• perl(IO::File)
• perl(IO::Handle)
• perl(List::Util)
• perl(Math::CDF)
• perl(POSIX)
• perl(Scalar::Util)
• perl(Term::ANSIColor)
• perl(XML::LibXML::Document)
• perl(XML::LibXML::Element)
• perl(XML::Twig)
• perl(XML::Twig::Elt)
• perl(XML::XML2JSON)
• perl(attributes)
• perl(base)
• perl(constant)
• perl(overload)
• perl(strict)
• perl(utf8)
• perl(version) >= 0.770.0
• perl(warnings)
• perl-base >= 2:5.34.1
• rpmlib(CompressedFileNames) <= 3.0.4-1
• rpmlib(FileDigests) <= 4.6.0-1
• rpmlib(PayloadFilesHavePrefix) <= 4.0-1
• rpmlib(PayloadIsZstd) <= 5.4.18-1

License

GPL+ or Artistic

Changelog

* Sun Mar 20 2022 umeabot <umeabot> 2.0.1-4.mga9
  + Revision: 1808339
  - Mageia 9 Mass Rebuild

Files

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Fabrice Bellet, Thu Dec 26 12:04:42 2024